Pondok Pesantren, dua patah kata yang mengungkapkan sejarah masa lampau yang kompleks. Pondok menggambarkan bentuk tarekat. Kata itu berasal dari kata Arab, Funduq, artinya tempat warga tarekat menyepi dari pola hidup sehari-hari. Pesantren dalam pada itu menunjuk pada asal-usulnya yang pra-Islam—ketika para ahli agama Hindu dan Budha mulai mendalami agama baru mereka, Islam, dibawah bimbingan sejumlah ulama. Guru, yang umumnya berkebangsaan bukan Indonesia asli, menjadi orang yang dituakan. Ialah ‘orang tua’ yang dalam bahasa Arab berbunyi Syaikh dan dalam bahasa Jawa disebut Kiai.
Pola watak tarekat itu, dan persambungannya yang kuat dengan masa kehidupan beragama model pra-Islam, menjadikan pondok pesantren sebuah lembaga keagamaan yang khas—yang justru menyediakan kedamaian dan ketenangan di tengah masyarakat yang dinamis.